Agent J muss die Erde wieder vor einigem Abschaum bewahren, denn in Gestalt des verführerischen Dessous-Models Serleena will ein Alien den Planeten unterjochen. Dabei benötigt J die Hilfe seines alten Partners Agent K. Der wurde aber bei seiner “Entlassung” geblitzdingst, und so muß J seine Erinnerung erst mal etwas auffrischen bevor es auf die Jagd gehen kann.
Nur die Men In Black kennen das bestgehütete Geheimnis der Welt: auf der Erde wimmelt es von Aliens! Außerirdische der unterschiedlichsten Art haben sich, als Menschen getarnt, auf dem Planeten breitgemacht. Einige werden geduldet, andere aufgespürt, gejagt, vertrieben. Und diesen Job erledigen die beiden zähesten unter den Alienjägern, die Agenten Mr. K und Mr. J. Doch dann landet ein intergalaktisches Riesenmonster auf der Erde - sein Ziel: die totale Vernichtung der Welt. Trotz optimaler High-Tech-Bewaffnung haben die beiden Super-Agenten jetzt einen lebensgefährlichen Auftrag. Als sie die Fährte des außerirdischen Eindringlings aufgenommen haben, scheint es fast zu spät zu sein - eine globale Katastrophe bahnt sich an...